Jaak Pankseep : Ipotesi oppiacea
Quest’ipotesi suggerisce che la musica modulata AIT stimola e possibilmente normalizza certe aree del cervello che producono oppiacei endogeni, di cui i soggetti autistici hanno un elevato tasso.

Lisa Boswell : Ipotesi della melatonina
Quest’ipotesi suggerisce che l’AIT normalizzerebbe la melatonina e di conseguenza migliorerebbe sonno e autoimmunità, spesso problematici nei soggetti autistici.

• Altre teorie focalizzano l’attenzione sui cambiamenti nella capacità d’ascoltare

• Bill Clark : Sintonizzarsi/Desintonizzarsi
Secondo lui la modulazione della musica AIT aiuterebbe l’ascoltatore a mettersi in sintonia con il suo ambiente sonoro, il che risulta difficile per i soggetti autistici.

Stephen Edelson : Spostare l'attenzione
Egli dice che il metodo AIT può addestrare o condizionare l’ascoltatore per far sì che possa spostare la sua attenzione più rapidamente e in maniera efficace, sapendo che i soggetti autistici hanno spesso dei problemi nello spostare la propria attenzione da una fonte sonora ad un’altra.